「ヤクザの幹部、実は潜入捜査官。」「エリート警察官、実はヤクザの潜入員。」
暴力団織田組の幹部、森屋純（西島秀俊）は、実は警察から送り込まれた潜入捜査員。神奈川県警の刑事、高山亮介（香川照之）は、実は織田組から送り込まれた潜入員。純が警察官であることを知っているのは、警視正・小野寺（角野卓三）のみ。
純は、長年の潜入捜査で精神状態が不安定。もし潜入捜査員であることが組にバレれば拷問のうえ殺されるこ間違いないない。早く警察官に戻してもらうことを警視正に訴えている。
織田組とタイのマフィアとの間で、ドラッグの取引が行われる。警視正は、純から送られてくる信号をもとに取引場所を特定し、織田組の壊滅を図るが、高山は警察の情報を組に流し、逃がそうと試みる。暗号のやり取りは、かなりスリリングなシーンが展開される。
受渡場所が警察にバレていると気づいた織田組は、ドラッグを海に捨て逮捕は免れる。やりとりの結果、警察、織田組共に内部に犬（スパイ）がいることを確信する。警視正・小野寺と織田組の組長（小日向文世）の掛け合いも凄味がある。
精神が不安定な純は、精神科に通い精神科医の奈緒子（和久井映見）にそれとなく自分のことを打ち明け、良い関係になっていく。
高山は内部調査課に異動になり、警察内のスパイの内定を担当することになる。さらに組長からも組内のスパイを暴き出すよう命じられる。何故か、高山は警察上部から信用されている。警視正も高山には、ペラペラ情報を喋っている。
純は、組長の別荘の地下倉庫にドラッグが隠されているとにらみ、弟分のヒロシ（伊藤淳史）がピアスを別荘に落としたと嘘をつき、別荘を探させてほしいと組長の妻（伊藤かずえ）に頼みこむ。了解を得て別荘に入るが、いないと思った組長が居て、2人は怪しまれる。
純は地下の倉庫にドラッグや拳銃が隠してあることを発見し、証拠を確保する。ヒロシには妻との不倫の痕跡を隠すために忍び込んだと嘘をつく。
後日、ヒロシは組員から拷問に遭い別荘に来た本当の理由を聞かれるが純をかばい、真実（嘘の真実）は話さない。純は、ヒロシに堅気になることを勧める。
純は別荘にドラッグが有ることを、警視正に報告する。
純は、ビルの屋上で警視正と会い、地下倉庫にドラッグが存在する証拠を渡す。組が壊滅し警察に戻れることを確信する純は、奈緒子と結婚することを報告する。しかしその時、ヒロシから電話が入り「警視正がスパイと会っている。組総動員で殺しに向かってる。兄貴もいくように」という趣旨の連絡が入り、大ピンチに陥ってしまう。警視正は、潜入捜査官と会うことを高山に話していたのだ。高山は部下を使って警視正を監視し、織田組長に報告を入れていた。
組員がビルに入りこむ。純は清掃用のゴンドラで脱出するが、警視正は間一髪で組員に捕まってしまう。純は外から駆け付けたように見せるため、タクシーを拾いビルの入り口に乗りつけ、ビルに向かうと、タクシーの上に人が落ちてくる。暴行を受けた警視正の死体だ。
駆け付けた警察官と織田組の組員が銃撃戦を繰り広げる。純は、銃撃を受けたヒロシと車で逃げる。その時「何で教えてくれなかったんだ。どうして秘密にしてんだ？」とヒロシに問いただされる。ヒロシはこの襲撃に参加していないものがサツの犬だと組長に聞かされていた。襲撃に遅れてきた純が内通者だと解ったのだ。ヒロシは事故を起こし、その場で死亡する。
偽装警察編に続く。
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